Berbagai masalah terjadi dalam pengelolaan kelembagaan LPPM di Perguruan Tinggi. Masalah yang terjadi antara lain adalah (i) kualitas lembaga penelitian di Indonesia maupun kolaborasi antara universitas dan industri dalam inovasi masih berada pada level menengah, (ii) berdasarkan hasil release dari The Global Competitiveness Report 2017-2018 yang dirilis oleh World Economic Forum (lihat Schwab, 2018), menunjukkan bahwa kualitas lembaga-lembaga penelitian di Indonesia maupun tingkat kolaborasi antara pihak universitas and industri masih jauh dari ideal (dengan skor berturut turut 4,4 dan 4,3 dari skala penilaian 7). Beberapa rekomendasi yang ditawarkan untuk meningkatkan kualitas riset di Perguruan Tinggi. (1) pembentukan payung hukum dan upaya sistematis untuk meningkatkan proses kolaborasi yang bersifat resiprokal antara pemerintah daerah dan universitas, (2) penyamaan persepsi mengenai logika pelaporan keuangan penelitian antara Kemenristekdikti, Kemenkeu dan BPK, (3) Kemenristekdikti perlu memberikan perhatian yang memadai dalam mengidentifikasi dan mengatasi pangkal permasalahan yang menjadi penyebab keterlambatan pencairan dana hibah riset DIKTI, (4) diperlukan sebuah sistem terintegrasi yang mengakomodir penjelasan tambahan bagi pengaju proposal riset yang tidak disetujui sebagai bahan perbaikan ke depan, (5) Kemenristekdikti perlu mensosialisasikan kepada seluruh manajemen perguruan tinggi agar dapat memperhatikan keselarasan antara rencana berbagai aktivitas penelitian dan pengabdian kepada masyarakat, (6) diperlukan upaya lebih lanjut untuk mengeksplorasi strategi tatakelola anggaran penelitian yang paling efektif dalam konteks penelitian di perguruan tinggi. Pada penelitian ini, kendala yang dihadapi adalah kurangnya data sekunder yang diberikan oleh Perguruan Tinggi yang diteliti, sehingga menyulitkan untuk melakukan triangulasi hasil dari wawancara.